1........10........20........30........40........50........60........70........80........90.......100.......110.......120.......130.......140.......150.......160.......170.......180.......190.......200.......210.......220.......230.......240.......250.......260.......270.......280.......290.......
Methanospirillum ?????U???CAA??----UA????G??CGGCCACAG?CAGGU??G?U-G?UC?ACACCCGUUCCCAUUCCGAAC-AC?GGAAGUUAAGACACCUCAC----------------GUG??GA-UGAC?????G?GUACU?G??????A?????G???G????U-------------------A????C-GCGAGUCCUCGGGA????AAUCAUC????CU--------------------------------------CGCUG??????C?U??A???U------U-??GUU????????
Haloarcula ?????U???U--??----AG????G??CGGCCACAG?CGGUG??G?GGU?UG?CCUCCCGUACCCAUCCCGAAC-AC?GGAAGAUAAGCCCACCAGC----------------GUU??CC-GGGG?????A?GUACU?G??????G?????A???G????U-------------------G????C-GCGAGCCUCUGGGA????AACGCGG????UU--------------------------------------CGCCG??????C?-??-???-C-------??ACC????????
Halobacterium ?????U???UA-??----AG????G??CGGCCAUAG?CGGUG??G?G-G?UU?ACUCCCGUACCCAUCCCGAAC-AC?GGAAGAUAAGCCCGCCUGC----------------GUU??CC-GGUC?????A?GUACU?G??????G?????A???G????U-------------------G????C---GAGCCUCUGGGA????AAUCCGG????UU--------------------------------------CGCCG??????C?-??-???-CU------??ACU????????
Haloferax ?????U???UA-??----AG????G??CGGCCAGAG?CGGUG??A?G-G?UU?CCACCCGUACCCAUCCCGAAC-AC?GGAAGUUAAGCUCACCUGC----------------GUU??CU-GGUC?????A?GUACU?G??????G?????A???G????U-------------------G????A-GCGAUCCUCUGGGA????AAUCCAG????UU--------------------------------------CGCCG??????C?-??-???-C-------??CCU????????
Halorubrum ?????G???U--??----AG????G??CGGCCAAAG?CGGCA??G?G-G?AA?AGACCCGUACCCAUUCCGAAC-AC?GGAAGUGAAGCCUGCCAGC----------------GUA??CC-AGCU?????A?GUACU?G??????G?????A???G????U-------------------G????G-GAGACCCUCUGGGA????GCGCUGG????UU--------------------------------------CGCCG??????C?-??-???-CU-----A??CUC????????
Natrinema ?????U???UA-??----CG????G??CGGCCACAG?CGGCG??A?G-G?UA?CCUCCCGUACCCAUCCCGAAC-AC?GGAAGAUAAGCUCGCCUGC----------------GUU??UC-GGUC?????A?GUACU?G??????G?????A???G????U-------------------G????G-GCGACCCUCUGGGA????ACCCCGA????UU--------------------------------------CGCCG??????C?C??A???CCA------??CUC????????
Methanolobus ?????G???G--??----UG????G??CGGCCAUAG?CGGCG??G?G-G?CA?AUUCCUGUACCCAUCCCGAAC-AC?AGAAGAUAAGCCCGCCUGC----------------GUU??CU-AUAC?????U?GUACU?A??????A?????A???G????U-------------------A????U-GAGAGUCUUUGGGA????AAUAUGG????AA--------------------------------------CGCUG??????C?C??A???C------C-??AAC????????
Methanosarcina ?????G???GAG??U---UU????G??GCGCCAUAG?CGGCA??G?U-G?UA?ACUCCUGUACCCAUCCCGAAC-AC?AGUAGAUAAGCCUGCCCGC----------------GUU??CC-UUAC?????U?GUACU?G??????A?????A???G????U-------------------G????U-GCGAGCCUUCGGGA????ACUCUGG????AU--------------------------------------CGCUG??????C?C??A???U--AC-UC-??ACC????????
Methanosarcina.v ?????G???AUC??----UG????G??CAGCCAUAG?CGGCA??G?G-U?GU?AAUCCUGUACCCAUCCCGAAC-AC?AGUAGAUAAGCCUGCCCGC----------------GUU??CCUUGCC?????U?GUACU?G??????A?????A???G????U-------------------G????U-GCGAGCU-UCGGGA????ACUCUGG????AU--------------------------------------CG-UG??????C?C??A???UA----UC-??AGU????????
Nanoarchaeum ?????G???UUU??CGUGGG????A??GGGCCAUAG?CGGCC??C?GGG?AA?CCACCCGUACCCAUCUCGAAC-AC?GGAAGUUAAGCCGGGCCGC----------------GUC??CC-GAGU?????G?GUACU?G??????C?????C???C????C--------------------????--GCGAAGGGGUGGGA????AGCUCGG????GA--------------------------------------U----??????-?-??-???--------G??CCC????????
Thermoplasma ?????G???G--??----CA????A??CGGUCAUAG?CAGCA??G?G-G?AA?ACACCAGAUCCCAUUCCGAAC-UC?GACGGUUAAGCCUGCU-GC----------------GUA??UU-GCGU?????U?GUACU?G??????U?????A???U????G-------------------C????C-GCGAGGGUACGGGA????AGCGCAA????UA--------------------------------------UGCUG??????U?U??A???C------C-??ACU????????
Methanococcus ?????U???GAC??A---UA????A??CGGUCAAAG?CGGAG??G?U-G?UA?ACAUCCGAUCCCAUCCCGAUC-UC?GGAAAUUAAGCCCUCCAGC----------------GAU??UC-UUUA?????A?GUACU?G??????C?????U???-????---------------------????-----AUCUAGUGGGA????ACAAAGU????GA--------------------------------------CGCCG??????U?U??A???G------U-??CAC????????
Methanothermococcus ?????U???GAU??A---UA????A??CGGUCAUAG?CGGAG??G?A-G?CC?ACAUCCGAUCCCGUCCCGAUC-UC?GGAAAUUAAGCCCUCCAGC----------------GAU??AC-CCUA?????A?GUACU?G??????C?????C???A????UUUG-----------------????----------GUGGGA????ACAGGGU????GA--------------------------------------CGCUG??????U?U??G???A------U-??CAC????????
Methanothermobacter ?????G???U--??----UG????G??CGGUCAUGG?CGUGG??G?G-U?UU?AUACCUGAUCUCGUUUCGAUC-UC?AGUAGUUAAGUCCUGCUGC----------------GUU??GUGGGUG?????U?GUACU?G??????C?????G???G????U-------------------U????U-UU--UGCUGUGGGA????AGCCCAC????UU--------------------------------------CACUG??????C?C??A???G------A-??CAA????????
Methanothermus ?????G???GUA??----CG????G??CGACCAUAG?CGGGG??G?G-G?CC?ACACCUGAACCCGUUCCGAUC-UC?AGAAGUUAAGCCCCCCUGC----------------GUU??GG-AGGU?????G?GUACU?G??????C?????A???A????C-------------------G????U-UAG--U-UGCGGGA????AGCCUCC????AA--------------------------------------CGUCG??????C?C??G???G------C-??CCA????????
Pyrococcus ?????G???GUA??----CG????G??CGGUCAUAG?CGGGG??G?G-G?CC?ACACCCGGUCUCAUUUCGAAC-CC?GGAAGUUAAGCCCCCCAGC----------------GAU??CC-CGGC?????U?GUACU?G??????C?????C???C????U-------------------C????C-GAGAGGGGGCGGGA????ACCGGGG????-A--------------------------------------CGCCG??????C?-??-???-CG-----G??CCA????????
Thermococcus ?????G???GUA??----CG????G??CGGUCAUAG?CGGCG??G?G-G?UC?ACACCCGGUCUCGUUUCGACC-CC?GGAAGUUAAGCCCGCCAGC----------------GAU??CC-CGGU?????U?GUACU?G??????C?????C???C????U-------------------C????C-GGGAGGGGGCGGGA????ACCGGGG????-A--------------------------------------CGCCG??????C?C??G???G------C-??CAC????????
Streptomyces ?????G???UUU??----CG????G??UGGUCAUAG?CGUUA??G?G-G?AA?ACGCCCGGUUACAUUCCGAAC-CC?GGAAGCUAAGCCUUACAGC----------------GC-??---CGAU?????G?GUACU?G??????C?????A???G????--------------------G????G-GGGACCCUGUGGGA????GAGUAGG????-A--------------------------------------CGCCG??????C?-??-???-CG-----A??ACA????????
Agrobacterium ?????C???GAC??C---UG????G??UGGUCAUCG?CGGGG??C?G-G?CU?GCACCCGUUCCCUUUCCGAAC-AC?GGCCGUGAAACGCCCCAGC----------------GC-??---CAAU?????G?GUACU?U??????C?????G???U????C-------------------U????C-AAGA---CGCGGGA????GAGUAGG????-U--------------------------------------CGCUG??????C?C??A???G------G-??UCU????????
Escherichia ?????U???GCC??----UG????G??CGGCCGUAG?CGCGG??U?G-G?UC?CCACCUGACCCCAUGCCGAAC-UC?AGAAGUGAAACGCCGUAGC----------------GC-??---CGAU?????G?GUAGU?G??????U?????G???G????---------------------????----------------????-------????--GGUCUCCCCAUGCGAGAGU---------------AGGGAACUG??????C?C??A???G------G-??CAU????????
Thermus ?????A???AUC??CC--CC????G??UGCCCAUAG?CGGCG??U?G-G?AA?CCACCCGUUCCCAUUCCGAAC-AC?GGAAGUGAAACGCGCCAGC----------------GC-??---CGAU?????G?GUACU?G??????G?????G???-????C-------------------G????G-GCGACCGCCUGGGA????GAGUAGG????-U--------------------------------------CGGUG??????C?G??G???G------G-??GAU????????
Aquifex ?????C???CCC??----UG????G??UGGCCAUAG?CGGGG??G?G-G?AA?ACACCCGGUCCCAUUCCGAAC-CC?GGCAGUUAAGCCCCCCAGC----------------GC-??---CGAU?????G?AUACU?G??????U?????G???C????C-------------------G????G--CAGCGGCACGGGA????AAGUAGG????-U--------------------------------------CGCUG??????C?-??-???-CA-----G??GGG????????
Thermotoga ?????A???UCC??CC--GG????G??UGCCGAUAC?UGGGG??C?GGG?AA?ACACCCGGUUCCAUUCCGAAC-CC?GGCCGUUAAGCCGCCCUGG----------------GCC??----GAU?????G?GUAGU?A??????U?????G???G????G-------------------G????GC--AGCCCCAUGCGA????GAGUAGG????-U--------------------------------------AGCGC??????C?C??G???G------G-??GAU????????
Campylobacter ?????A???UGU??----CC????G??UGAUUAUAC?AGAUG??U?G-G?AA?ACGCCUUGCUCCAUCCCGAAC-CA?AGAAGCUAAGCACAUCGUG----------------GG-??---UGAU?????G?AUACU?A??????C?????G???C????CU-------------------????----------------????-------????-------UAC-----------UGGCAGGGGGAAAGUAGCUCAUUG??????C?-??-???-GG-----A??CUU????????
Chlamydia ?????C???U--??----UG????G??UGAUAAUAG?AGAGA??G?G-G?AA?ACACCUGACACCAUUCCGAAC-UC?AGAAGUUAAGCCUCUGAUC----------------GC-??---UGAU?????G?GUACU?A??????U?????A???C????---------------------????--ACAAGAGUAUGGGA????GAGUAGG????-U--------------------------------------CGUCG??????C?C??A???A------G-??CAU????????
Bacillus ?????U???U--??----UG????G??UGAUGAUGG?CAGAG??A?G-G?UC?ACACCCGUUCCCAUACCGAAC-AC?GGAAGUUAAGCUCUCUAGC----------------GC-??---CGAU?????G?GUAGU?U??????G?????G???G????A-------------------C????C-UUGUCCC--UGUGA????GAGUAGG????-A--------------------------------------CGUCG??????C?-??-???-CA------??AGC????????
Geobacillus ?????C???C--??----UA????G??UGGUGAUAG?CGGAG??G?G-G?AA?ACACCCGUUCCCAUCCCGAAC-AC?GGAAGUUAAGCCCUCCAGC----------------GC-??---CGAU?????G?GUAGU?U??????G?????G???G????--------------------G????C-CAGCGCCCCUGCAA????GAGUAGG????-U--------------------------------------CGCUG??????C?-??-???-UA------??GGC????????
Flavobacterium ?????U???A--??----AG????G??UGGUUAUUG?CGGCG??G?G-G?CU?CGACCUCUUCCCAUCCCGAAC-AG?AGUAGUUAAGCCCGCCUGC----------------GC-??---AGAU?????G?GUACU?G??????C?????A???G????UU-------------------????--------AUGUGGGA????GAGUAUG????-U--------------------------------------CGUCG??????C?-??-???-CU------??UUC????????
Spirochaeta ?????C???C--??----UG????G??UGAUCAUAG?CGAAG??A?G-G?UC?CCACCCGUUCCCAUCCCGAAC-AC?GGAAGUUAAGCUCUUCAGC----------------GC-??---CGAU?????G?GUACU?G??????C?????U???A????UUG------------------????-----------CGGGA????GAGUAGG????-U--------------------------------------CGUCG??????C?-??-???-CA-----G??GCU????????
Archeoglobus ?????A???UGC??----CG????A??CGGUCAUAG?GACGG??G?G-G?AA?ACACCCGGACUCAUUCCGAAC-CC?GGAAGUUAAGCCCCGUUCC----------------GUC??CC-GCAC?????A?GUACU?G??????U?????G???U????U-------------------C????C-GAGAGGGCACGGGA????ACUGCGG????-G--------------------------------------AACCG??????U?-??-???-CG-----G??CUU????????
Pyrobaculum ?????G???CCC??C-UAAC????C??CGGCCAUAG?GCGCC??G?GUG?AU?ACGCCCGGUCUCAU-CAGAAC-CC?GGAAGCUAAGGCCGGCGCC----------------GCG??CU-CGGG?????A?GUACU?G??????G?????G???C????U-------------------C????C-GCGAGGGCCCGGGA????AACCGGC????-G--------------------------------------UGCUG??????G?G??A???G--GGG-G-??CUU????????
Desulfurococcus ?????U???GCC??CG--AC????C??CGGCCAUAG?UGGCC??G?G-G?CA?ACACCCGGUCUCGUUUCGAAC-CC?GGAAGUUAAGCCGGCCA-CGUCAGAACGGCCGUGA---??-------?????-?-----?-??????-?????-???-????---GGUCCGAGAGGCCUCGC-????----------------????-------????--AGCCGUUCUGAGCUGGGAU------------------------??????-?-??-???---CGGGC-??ACC????????
Sulfolobus ?????G???CCC??----AC????C??CGGUCACAG?UGAGC??G?G-G?CA?ACACCCGGACUCAUUUCGAAC-CC?GGAAGUUAAGCCGCUCA-CGUUAGUGGGGCCGUGG---??-------?????-?-----?-??????-?????-???-????---AUACCGUGAGGAUCCGC-????----------------????-------????--AGCCCCACUAAGCUGGGAU------------------------??????-?-??-???---GGG-U-??UUU????????
Gelidium ?????A???C--??----AU????U??CGGCCAUAC?UAAGU??C?GAC?AU?GUACCCGAUCCCAUCCCGAAC-UC?GGAAGUCAAGUCGCUUCAG----------------G-C??CG-GGUU?????A?GUACU?G??????A?????G???G????U-------------------G????A-GGGAUCACUCGGGA????AUCCCCG????-G--------------------------------------UGCCG??????-?-??-???AA-------??UGU????????
Cryptosporidium ?????G???C--??----AA????U??CGGCCAUAC?UACAU??C?G-A?AU?AUACCGGAUCCCAU-CAGAAC-UC?CGAAGUCAAGCGGUGUAAG----------------G-U??UC-GGUU?????A?GUACU?A??????G?????G???G????U-------------------G????G-GGGACCACCUGGGA????AGACCAG????AA--------------------------------------UGUCG??????A?U??C???G------C-??CUC????????
Nosema ?????G???A--??-----U????A??CGGUUAUAU?UUACU??G?A-A?AA?CCACCGGAACCCAU-CAGAAC-UC?CGAAGUUAAACCAGUAUGA----------------G-C??UU-AAUU?????A?GUACU?A??????A?????G???A????A-------------------G????G-GAGACCACUUGGGA????ACGUUGG????-G--------------------------------------UGGUA??????-?-??-???---------??---????????
Zea ?????G???G--??----AU????G??CGAUCAUAC?CAGCA??C?U-A?AA?GCACCGGAUCCCAU-CAGAAC-UC?CGAAGUUAAGCGUGCUUGG----------------G-C??GA-GAGU?????A?GUACU?A??????G?????G???A????U-------------------G????G-GUGACCUCCUGGGA????AGUCCUC????-G--------------------------------------UGUUG??????C?-??-???-AU------??UCC????????
Euglena ?????G???A--??----GU????A??CGGCCAUAC?UACCG??G?G-A?AU?ACACCUGAACCCGU-UCGAUU-UC?AGAAGUUAAGCCGGGUUAG----------------G-C??CC-AGUU?????A?GUACU?G??????A?????-???G????U-------------------G????G-GCGACCACUUGGGA????ACACUGG????-G--------------------------------------UGCUG??????U?-??-???-AC-----G??CUU????????
Dictyostelium ?????G???U--??----AU????A??CGGCCAUAC?UAGGU??U?G-G?AA?ACACAUCAUCCCGU-UCGAUC-UG?AUAAGUAAAUCGACCUCAG----------------G-C??CU-UCCA?????A?GUACU?C??????U?????G???G????U-------------------U????G-GAGACAACAGGGGA????ACAUAGG????-G--------------------------------------UGCUG??????U?-??-???-AU------??ACU????????
Physarum ?????G???G--??----AU????G??CGGCCAUAC?UAAGG??A?G-A?AA?GCACCUCAUCCCGU-CCGAUC-UG?AGAAGUUAAGCUCCUUCAG----------------G-C??GU-GGUU?????A?GUACU?G??????G?????G???G????U-------------------G????G-GGGACCACCUGGGA????AUCCCAC????-G--------------------------------------UGCUG??????C?-??-???-AU-----U??CUU????????
Amoebidium ?????G???G--??----UU????A??CGGCCAUAC?CUAGC??A?G-A?AA?GCACCCCAUCUCGU-CCGAUC-UG?GGAAGUUAAACUGCUAUGG----------------G-C??GU-GGUU?????A?GUACU?G??????C?????G???G????U-------------------G????G-GGGACCACGCGGGA????AUACCAC????-G--------------------------------------UGCUG??????U?-??-???-AA------??UCU????????
Candida ?????G???G--??----UU????G??CGGCCAUAU?CUAGC??A?G-A?AA?GCACCGUUCCCCGU-UCGAUCAAC?CGUAGUUAAGCUGCUAAGA----------------GCA??AU-ACCG?????A?GUAGU?G??????U?????A???G????U-------------------G????G-GAGACCAUACGCGA????AACUAUU????-G--------------------------------------UGCUG??????C?-??-???-AA------??UCU????????
Saccharomyces ?????G???G--??----UU????G??CGGCCAUAU?CUACC??A?G-A?AA?GCACCGUUCUCCGU-CCGAUCAAC?UGUAGUUAAGCUGGUAAGA----------------GCC??UG-ACCG?????A?GUAGU?G??????U?????A???G????U-------------------G????G-GUGACCAUACGCGA????AACUCAG????-G--------------------------------------UGCUG??????C?-??-???-AA------??UCU????????
Caenorhabditis ?????G???C--??----UU????A??CGACCAUAU?CACGU??U?G-A?AU?GCACGCCAUCCCGU-CCGAUC-UG?GCAAGUUAAGCAACGUUGA----------------G-U??CC-AGUU?????A?GUACU?U??????G?????G???A????U-------------------C????G-GAGACGGCCUGGGA????AUCCUGG????-A--------------------------------------UGUUG??????U?-??-???-AA------??GCU????????
Drosophila ?????G???C--??----CA????A??CGACCAUAC?CACGC??U?G-A?AU?ACAUCGGUUCUCGU-CCGAUC-AC?CGAAAUUAAGCAGCGUCGG----------------G-C??GC-GGUU?????A?GUACU?U??????A?????G???A????U-------------------G????G-GGGACCGCUUGGGA????ACACCGC????-G--------------------------------------UGUUG??????U?-??-???-UG-----G??CCU????????
Xenopus ?????G???C--??----CU????A??CGGCCAUAC?CACCC??U?G-A?AA?GUGCCCGAUAUCGU-CUGAUC-UC?GGAAGCCAAGCAGGGUCGG----------------G-C??CU-GGUU?????A?GUACU?U??????G?????G???A????U-------------------G????G-GAGACCGCCUGGGA????AUACCAG????-G--------------------------------------UGUCG??????U?-??-???-AG-----G??CUU????????
Cryptobranchus ?????G???C--??----CU????A??CGGCCAUAC?CACCC??U?G-A?AU?GCGCCCGAUCUCGU-CUGAAC-UC?AGAAGCUAAGCAGGCUUGG----------------G-C??CU-GGUU?????A?GUACU?U??????G?????G???A????U-------------------G????G-GAGACUGCCUGGGA????AUACCAG????-G--------------------------------------UGCUG??????U?A??G???G------C-??UUU????????
Homo ?????G???U--??----CU????A??CGGCCAUAC?CACCC??U?G-A?AC?GCGCCCGAUCUCGU-CUGAUC-UC?GGAAGCUAAGCAGGGUCGG----------------G-C??CU-GGUU?????A?GUACU?U??????G?????G???A????U-------------------G????G-GAGACCGCCUGGGA????AUACCGG????-G--------------------------------------UGCUG??????U?A??G???G------C-??UUU????????
??????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????
Methanospirillum2 -----U---CAA---???UA----G--CGGCCACAG-CAGGU--G-U?G-UC-ACACCCGUUCCCAUUCCGAAC?AC-GGAAGUUAAGACACCUCAC????????????????GUG--GA?UGAC-----G-GUACU-G------A-----G---G----U???????????????????A----C?GCGAGUCCUCGGGA----AAUCAUC----CU??????????????????????????????????????CGCUG------C-U--A---U??????U---GUU--------
Haloarcula2 ---------UU----???AG----G--CGGCCACAG-CGGUG--G-G?G-UUGCCUCCCGUACCCAUCCCGAAC?AC-GGAAGAUAAGCCCACCAGC????????????????GUU--CC?GGGG-----A-GUACU-G------G-----A---G----U???????????????????G----C?GCGAGCCUCUGGGA----AACGCGG----UU??????????????????????????????????????CGCCG------C-C--A---C??????C--------------
Halobacterium2 ---------UUA---???AG----G--CGGCCAUAG-CGGUG--G-G?G-UU-ACUCCCGUACCCAUCCCGAAC?AC-GGAAGAUAAGCCCGCCUGC????????????????GUU--CC?GGUC-----A-GUACU-G------G-----A---G----U???????????????????G-----?-CGAGCCUCUGGGA----AAUCCGG----UU??????????????????????????????????????CGCCG------C-C-UA---C??????U--------------
Haloferax2 ---------UUA---???AG----G--CGGCCAGAG-CGGUG--A-G?G-UU-CCACCCGUACCCAUCCCGAAC?AC-GGAAGUUAAGCUCACCUGC????????????????GUU--CU?GGUC-----A-GUACU-G------G-----A---G----U???????????????????G----A?GCGAUCCUCUGGGA----AAUCCAG----UU??????????????????????????????????????CGCCG------C-C--C---C??????U--------------
Halorubrum2 ---------GUA---???-G----G--CGGCCAAAG-CGGCA--G-G?G-AA-AGACCCGUACCCAUUCCGAAC?AC-GGAAGUGAAGCCUGCCAGC????????????????GUA--CC?AGCU-----A-GUACU-G------G-----A---G----U???????????????????G----G?GAGACCCUCUGGGA----GCGCUGG----UU??????????????????????????????????????CGCCG------C-C-------??????UA-------CU--C-
Natrinema2 ---------UUA---???CG----G--CGGCCACAG-CGGCG--A-G?G-UA-CCUCCCGUACCCAUCCCGAAC?AC-GGAAGAUAAGCUCGCCUGC????????????????GUU--UC?GGUC-----A-GUACU-G------G-----A---G----U???????????????????G----G?GCGACCCUCUGGGA----ACCCCGA----UU??????????????????????????????????????CGCCG------C-C--A---C??????CA-------CU--C-
Methanolobus2 -----G---G-----???UG----G--CGGCCAUAG-CGGCG--G-G?G-CA-AUUCCUGUACCCAUCCCGAAC?AC-AGAAGAUAAGCCCGCCUGC????????????????GUU--CU?AUAC-----U-GUACU-A------A-----A---G----U???????????????????A----U?GAGAGUCUUUGGGA----AAUAUGG----AA??????????????????????????????????????CGCUG------C-C--A---C??????C---AAC--------
Methanosarcina2 -----GGA-GUU---???UG----G--C-GCCAUAG-CGGCA--G-U?G-UA-ACUCCUGUACCCAUCCCGAAC?AC-AGUAGAUAAGCCUGCCCGC????????????????GUU--CC?UUAC-----U-GUACU-G------A-----A---G----U???????????????????G----U?GCGAGCCUUCGGGA----ACUCUGG----AU??????????????????????????????????????CGCUG------C-C--AUACU??????C---ACC--------
Methanosarcina.v2 -----G---AUC---???UG----G--CAGCCAUAG-CGGCA--GGU?G-UA-A-UCCUGUACCCAUCCCGAAC?AC-AGUAGAUAAGCCUGCCCGC????????????????GUU--CC?UUGC----CU-GUACU-G------A-----A---G----U???????????????????G----U?GCGAGC-UUCGGGA----ACUCUGG----AU??????????????????????????????????????CG-UG------C-C--AUA-U??????C---AGU--------
Nanoarchaeum2 -----G---UUU---???CGUGGGA--GGGCCAUAG-CGGCCC-G-G?G-AA-CCACCCGUACCCAUCUCGAAC?AC-GGAAGUUAAGCCGGGCCGC????????????????GUC--CC?GAGU-----G-GUACU-G------C------C--------???????????????????C----C?GCGAAGGGGUGGGA----AGCUCGG----GA??????????????????????????????????????UGC----------C-------??????------C--------
Thermoplasma2 -----G---GCA---???------A--CGGUCAUAG-CAGCA--G-G?G-AA-ACACCAGAUCCCAUUCCGAAC?UC-GACGGUUAAGCCUG-CUGC????????????????GUA--UU?GCGU-----U-GUACU-G------U-----A---U----G???????????????????C----C?GCGAGGGUACGGGA----AGCGCAA----UA??????????????????????????????????????UGCUG------U-U--A---C??????C---ACU--------
Methanococcus2 U----G---ACA---???UA----A--CGGUCAAAG-CGGAG--G-U?G-UA-ACAUCCGAUCCCAUCCCGAUC?UC-GGAAAUUAAGCCCUCCAGC????????????????GAU--UC?UUUA-----A-GUACU-G------C-----U---A----U???????????????????C----U?-------AGUGGGA----ACAAAGU----GA??????????????????????????????????????CGCCG------U-U--A---G??????U---CAC--------
Methanothermococcus2 U----G---AUA---???UA----A--CGGUCAUAG-CGGAG--G-A?G-CC-ACAUCCGAUCCCGUCCCGAUC?UC-GGAAAUUAAGCCCUCCAGC????????????????GAU--AC?CCUA-----A-GUACU-G------C-----C---A----U???????????????????U----U?-------GGUGGGA----ACAGGGU----GA??????????????????????????????????????CGCUG------U-U--G---A??????U---CAC--------
Methanothermobacter2 -----G---U-----???UG----G--CGGUCAUGG-CGUGG--G-G?U-UU-AUACCUGAUCUCGUUUCGAUC?UC-AGUAGUUAAGUCCUGCUGC????????????????GUU--GU?GGGU-----GUGUACU-G------C-----G---GUUU-U???????????????????U----U?GC-----UGUGGGA----AGCCCAC----UU??????????????????????????????????????CACUG------C-C--A---G??????A---CAA--------
Methanothermus2 -----G---GUA---???CG----G--CGACCAUAG-CGGGG--G-G?G-CC-ACACCUGAACCCGUUCCGAUC?UC-AGAAGUUAAGCCCCCCUGC????????????????GUU--GG?AGGU-----G-GUACU-G------C-----A-ACG----U???????????????????U----A?GU-----UGCGGGA----AGCCUCC----AA??????????????????????????????????????CGUCG------C-C--G---G??????C---CCA--------
Pyrococcus2 -----G---GUA---???CG----G--CGGUCAUAG-CGGGG--G-G?G-CC-ACACCCGGUCUCAUUUCGAAC?CC-GGAAGUUAAGCCCCCCAGC????????????????GAU--CC?CGGC-----U-GUACU-G------C-----C---C----U???????????????????C----C?GAGAGGGGGCGGGA----ACC-GGG----GA??????????????????????????????????????CGCCG------C-C--G---G??????C---CA---------
Thermococcus2 -----G---GUA---???CG----G--CGGUCAUAG-CGGCG--G-G?G-UC-ACACCCGGUCUCGUUUCGACC?CC-GGAAGUUAAGCCCGCCAGC????????????????GAU--CC?CGGU-----U-GUACU-G------C-----C---C----U???????????????????C----C?GGGAGGGGGCGGGA----ACC-GGG----GA??????????????????????????????????????CGCCG------C-C--G---G??????C---CA--C------
Streptomyces2 -----G---UUU---???CG----G--UGGUCAUAG-CGUUA--G-G?G-AA-ACGCCCGGUUACAUUCCGAAC?CC-GGAAGCUAAGCCUUACAGC????????????????GCC----?-----GAU-G-GUACU-GCAGGGGGGA--CC---C----U???????????????????G----U?GGGA----------GAGUA---------GGA??????????????????????????????????????CGCCG------C-C--G---A??????A---CA---------
Agrobacterium2 -----C--GACC---???UG----G--UGGUCAUCG-CGGGG--C-G?G-CU-GCACCCGUUCCCUUUCCGAAC?AC-GGCCGUGAAACGCCCCAGC????????????????GCC----?-----AAU-G-GUACU-UCGUC--UCA--AG---A----C???????????????????G----C?GGGA----------GAGUA---------GGU??????????????????????????????????????CGCUG------C-C--A---G??????G---UC-U-------
Escherichia2 -----U---GCC---???UG----G--CGGCCGUAG-CGCGG--U-G?G-UC-CCACCUGACCCCAUGCCGAAC?UC-AGAAGUGAAACGCCGUAGC????????????????GCC----?-----GAU-G-GUAGU-GUG-GGGUCU--CC---C----C???????????????????A----U?GCGA----------GAGUA---------GGG??????????????????????????????????????AACUG------C-C--A---G??????G---CA-U-------
Thermus2 ---AAU---CCC---???CC----G--UGCCCAUAG-CGGCG--U-G?G-AA-CCACCCGUUCCCAUUCCGAAC?AC-GGAAGUGAAACGCGCCAGC????????????????GCC----?-----GAU-G-GUACU-GGGCGGGCGA--CC---G----C???????????????????C----U?GGGA----------GAGUA---------GGU??????????????????????????????????????CGGUG------C-G--G---G??????G---GA-U-------
Aquifex2 -----C---CCC---???UG----G--UGGCCAUAG-CGGGG--G-G?G-AA-ACACCCGGUCCCAUUCCGAAC?CC-GGCAGUUAAGCCCCCCAGC????????????????GCC----?-----GAU-G-AUACU-GUGCCGGCAG--CG---G----C???????????????????A----C?GGGA----------AAGUA---------GGU??????????????????????????????????????CGCUG------C-C--A---G??????G---GG---------
Thermotoga2 -AU--C---CCC---???GG----G--UGCCGAUAC-UGGGG-CG-G?G-AA-ACACCCGGUUCCAUUCCGAAC?CC-GGCCGUUAAGCCGCCCUGG????????????????GCC----?-----GAU-G-GUAGU-AUGGGGGCAG--CC---C----C???????????????????A----U?GCGA----------GAGUA---------GGU??????????????????????????????????????AGCGC------C-C--G---G??????G---GA-U-------
Campylobacter2 -----A---U--GU-???CC----G--UGAUUAUAC-AGAUG--U-G?G-AA-ACGCCUUGCUCCAUCCCGAAC?CA-AGAAGCUAAGCACAUCGUG????????????????GGU----?-----GAU-G-AUACU-ACGCC--UUACUGG---C----A???????????????????G----G?GGGA----------AAGUA---------GCU??????????????????????????????????????CAUUG------C-G--G----??????A---CU-U-------
Chlamydia2 -----C---U-----???UG----G--UGAUAAUAG-AGAGA--G-G?G-AA-ACACCUGACACCAUUCCGAAC?UC-AGAAGUUAAGCCUCUGAUC????????????????GCU----?-----GAU-G-GUACU-AUACA--CAA--GA---G----U???????????????????A----U?GGGA----------GAGUA---------GGU??????????????????????????????????????CGUCG------C-C--A---A??????G---CA-U-------
Bacillus2 -----U---U-----???UG----G--UGAUGAUGG-CAGAG--A-G?G-UC-ACACCCGUUCCCAUACCGAAC?AC-GGAAGUUAAGCUCUCUAGC????????????????GCC----?-----GAU-G-GUAGUUG------GGA--CC---U----U???????????????????GUCCCU?GUGA----------GAGUA---------GGA??????????????????????????????????????CGUCG------C-C--A---A??????G---C----------
Geobacillus2 -----C---C-----???UA----G--UGGUGAUAG-CGGAG--G-G?G-AA-ACACCCGUUCCCAUCCCGAAC?AC-GGAAGUUAAGCCCUCCAGC????????????????GCC----?-----GAU-G-GUAGUUG------GGG--CC---A---GC???????????????????GCCCCU?GCAA----------GAGUA---------GGU??????????????????????????????????????CGCUG------C-U--A---G??????G---C----------
Flavobacterium2 -----U---A-----???AG----G--UGGUUAUUG-CGGCG--G-G?G-CU-CGACCUCUUCCCAUCCCGAAC?AG-AGUAGUUAAGCCCGCCUGC????????????????GCA----?-----GAU-G-GUACU-G------CAG--UU---A----U???????????????????G----U?GGGA----------GAGUA---------UGU??????????????????????????????????????CGUCG------C-C--U---U??????U---C----------
Spirochaeta2 -----C---C-----???UG----G--UGAUCAUAG-CGAAG--A-G?G-UC-CCACCCGUUCCCAUCCCGAAC?AC-GGAAGUUAAGCUCUUCAGC????????????????GCC----?-----GAU-G-GUACU-G------CUA--U---------U???????????????????G----C?GGGA----------GAGUA---------GGU??????????????????????????????????????CGUCG------C-C--A---G??????G---C---------U
Archeoglobus2 -----A---UGC---???CG----A--CGGUCAUAG-GACGG--G-G?G-AA-ACACCCGGACUCAUUCCGAAC?CC-GGAAGUUAAGCCCCGUUCC????????????????GUC--CC?GCAC-----A-GUACU-G------U-----G---U----U???????????????????C----C?GAGAGGGCACGGGA----ACUGCGG----GA??????????????????????????????????????-ACCG------U-C--G---G??????C---UU---------
Pyrobaculum2 -----G---CCC--C???UA----ACCCGGCCAUAGGCGCCG--G-U?G-AU-ACGCCCGGUCUCAUCA-GAAC?CC-GGAAGCUAAGGCCGGCGCC????????????????GCG--CU?CGGG-----A-GUACU-G------G-----G---C----U???????????????????C----C?GCGAGGGCCCGGGA----AACCGGC----GU??????????????????????????????????????-GCUG---GGAG-GG-G---G??????C---UU---------
Desulfurococcus2 -----U---GCC---???CG----ACCCGGCCAUAG-UGGCC--G-G?G-CA-ACACCCGGUCUCGUUUCGAAC?CC-GGAAGUUAAGCCGGCCA-C????????????????GUCAGAA?CGGC-----C-G---U-G------A-----G---G----U???????????????????C----C?GAGAGGCCUCGC------AGCCGUU-CU-GA??????????????????????????????????????-GCUG---GGAUCGG-G---C??????A---CC---------
Sulfolobus2 -----G---CCC---???------ACCCGGUCACAG-UGAGC--G-G?G-CA-ACACCCGGACUCAUUUCGAAC?CC-GGAAGUUAAGCCGCUCA-C????????????????GUUAGUG?GGGC-----C-G---U-G------G-----A---U----A???????????????????C----C?GUGAGGAUCCGC------AGCCCCA-CU-AA??????????????????????????????????????-GCUG---GGAU-GG-G---U??????U---UU---------
Gelidium2 -----A---CAU---???U--------CGGCCAUAC-UAAGU--C-G?ACAU-GUACCCGAUCCCAUCCCGAAC?UC-GGAAGUCAAGUCGCUUCAG????????????????GC---CG?GGUU-----A-GUACU-G------A-----G---G----U???????????????????G----A?GGGAUCACUCGGGA----AUCCCCG----GU??????????????????????????????????????-GCCG------A-A-------??????UG--------U----
Cryptosporidium2 -----G---CAA---???U--------CGGCCAUAC-UACAU--C-G?A-AU-AUACCGGAUCCCAUCA-GAAC?UC-CGAAGUCAAGCGGUGUAAG????????????????GU---UC?GGUU-----A-GUACU-A------G-----G---G----U???????????????????G----G?GGGACCACCUGGGA----AGACCAGA---AU??????????????????????????????????????-GUCG------A-U-------??????CGCC------UC---
Nosema2 -----G----AU---???A--------CGGUUAUAU-UUACU--G-A?A-AA-CCACCGGAACCCAUCA-GAAC?UC-CGAAGUUAAACCAGUAUGA????????????????GC---UU?AAUU-----A-GUACU-A------A-----G---A----A???????????????????G----G?GAGACCACUUGGGA----ACGUUGG----GU??????????????????????????????????????-G---GUA-------------??????---------------
Zea2 -----G---GAU---???G--------CGAUCAUAC-CAGCA--C-U?A-AA-GCACCGGAUCCCAUCA-GAAC?UC-CGAAGUUAAGCGUGCUUGG????????????????GC---GA?GAGU-----A-GUACU-A------G-----G---A----U???????????????????G----G?GUGACCUCCUGGGA----AGUCCUC----GU??????????????????????????????????????-GUUG------C-A-------??????UUCC-----------
Euglena2 -----G---AGU---???A--------CGGCCAUAC-UACCG--G-G?A-AU-ACACCUGAACCCGUUC-GAUU?UC-AGAAGUUAAGCCGGGUUAG????????????????GC---CC?AGUU-----A-GUACU-G------A-----G--------U???????????????????G----G?GCGACCACUUGGGA----ACACUGG----GU??????????????????????????????????????-GCUG------U-A-------??????CGCU------U----
Dictyostelium2 -----G---UAU---???A--------CGGCCAUAC-UAGGU--U-G?G-AA-ACACAUCAUCCCGUUC-GAUC?UG-AUAAGUAAAUCGACCUCAG????????????????GC---CU?UCCA-----A-GUACU-C------U-----G---G----U???????????????????U----G?GAGACAACAGGGGA----ACAUAGG----GU??????????????????????????????????????-GCUG------U-A-------??????UAC-------U----
Physarum2 -----G---GAU---???G--------CGGCCAUAC-UAAGG--A-G?A-AA-GCACCUCAUCCCGUCC-GAUC?UG-AGAAGUUAAGCUCCUUCAG????????????????GC---GU?GGUU-----A-GUACU-G------G-----G---G----U???????????????????G----G?GGGACCACCUGGGA----AUCCCAC----GU??????????????????????????????????????-GCUG------C-A-------??????UUCU------U----
Amoebidium2 -----G---GUU---???A--------CGGCCAUAC-CUAGC--A-G?A-AA-GCACCCCAUCUCGUCC-GAUC?UG-GGAAGUUAAACUGCUAUGG????????????????GC---GU?GGUU-----A-GUACU-G------C-----G---G----U???????????????????G----G?GGGACCACGCGGGA----AUACCAC----GU??????????????????????????????????????-GCUG------U-A-------??????AUC-------U----
Candida2 -----G---GUU---???G--------CGGCCAUAU-CUAGC--A-G?A-AA-GCACCGUUCCCCGUUC-GAUC?AACCGUAGUUAAGCUGCUAAGA????????????????GC---AA?UACCG----A-GUAGU-G------U-----A---G----U???????????????????G----G?GAGACCAUACGCGA----AACUAUU----GU??????????????????????????????????????-GCUG------C-A-------??????AUC-------U----
Saccharomyces2 -----G---GUU---???G--------CGGCCAUAU-CUACC--A-G?A-AA-GCACCGUUCUCCGUCC-GAUC?AACUGUAGUUAAGCUGGUAAGA????????????????GC---CU?GACCG----A-GUAGU-G------U-----A---G----U???????????????????G----G?GUGACCAUACGCGA----AACUCAG----GU??????????????????????????????????????-GCUG------C-A-------??????AUC-------U----
Caenorhabditis2 -----G---CUU---???A--------CGACCAUAU-CACGU--U-G?A-AU-GCACGCCAUCCCGUCC-GAUC?UG-GCAAGUUAAGCAACGUUGA????????????????GU---CC?AGUU-----A-GUACU-U------G-----G---A----U???????????????????C----G?GAGACGGCCUGGGA----AUCCUGG----AU??????????????????????????????????????-GUUG------U-A-------??????AGCU-----------
Drosophila2 -----G---CCA---???A--------CGACCAUAC-CACGC--U-G?A-AU-ACAUCGGUUCUCGUCC-GAUC?AC-CGAAAUUAAGCAGCGUCGG????????????????GC---GC?GGUU-----A-GUACU-U------A-----G---A----U???????????????????G----G?GGGACCGCUUGGGA----ACACCGC----GU??????????????????????????????????????-GUUG------U-U-------??????GGCC------U----
Xenopus2 -----G---CCU---???A--------CGGCCAUAC-CACCC--U-G?A-AA-GUGCCCGAUAUCGUCU-GAUC?UC-GGAAGCCAAGCAGGGUCGG????????????????GC---CU?GGUU-----A-GUACU-U------G-----G---A----U???????????????????G----G?GAGACCGCCUGGGA----AUACCAG----GU??????????????????????????????????????-GUCG------U-A-------??????GGCU------U----
Cryptobranchus2 -----G---CCU---???A--------CGGCCAUAC-CACCC--U-G?A-AU-GCGCCCGAUCUCGUCU-GAAC?UC-AGAAGCUAAGCAGGCUUGG????????????????GC---CU?GGUU-----A-GUACU-U------G-----G---A----U???????????????????G----G?GAGACUGCCUGGGA----AUACCAG----GU??????????????????????????????????????-GCUG------U-A-------??????GGCU------U-U--
Homo2 -----G---UCU---???A--------CGGCCAUAC-CACCC--U-G?A-AC-GCGCCCGAUCUCGUCU-GAUC?UC-GGAAGCUAAGCAGGGUCGG????????????????GC---CU?GGUU-----A-GUACU-U------G-----G---A----U???????????????????G----G?GAGACCGCCUGGGA----AUACCGG----GU??????????????????????????????????????-GCUG------U-A-------??????GGCU------U-U--