>Methanospirillum hungatei 1 -----U---CAA---UA----G--CGGCCACAG-CAGGU--G-UG-UC-ACACCCGUUCCCAUUCCGAACAC-GGAAGUUAAGACACCUCACGUG--GAUGAC-----G-GUACU-G------A-----G---G----UA----CGCGAGUCCUCGGGA----AAUCAUC----CUCGCUG------C-U--A---UU---GUU-------- >Haloarcula ---------UU----AG----G--CGGCCACAG-CGGUG--G-GG-UUGCCUCCCGUACCCAUCCCGAACAC-GGAAGAUAAGCCCACCAGCGUU--CCGGGG-----A-GUACU-G------G-----A---G----UG----CGCGAGCCUCUGGGA----AACGCGG----UUCGCCG------C-C--A---CC-------------- >Halobacterium ---------UUA---AG----G--CGGCCAUAG-CGGUG--G-GG-UU-ACUCCCGUACCCAUCCCGAACAC-GGAAGAUAAGCCCGCCUGCGUU--CCGGUC-----A-GUACU-G------G-----A---G----UG------CGAGCCUCUGGGA----AAUCCGG----UUCGCCG------C-C-UA---CU-------------- >Haloferax ---------UUA---AG----G--CGGCCAGAG-CGGUG--A-GG-UU-CCACCCGUACCCAUCCCGAACAC-GGAAGUUAAGCUCACCUGCGUU--CUGGUC-----A-GUACU-G------G-----A---G----UG----AGCGAUCCUCUGGGA----AAUCCAG----UUCGCCG------C-C--C---CU-------------- >Halorubrum distributum 1 ---------GUA----G----G--CGGCCAAAG-CGGCA--G-GG-AA-AGACCCGUACCCAUUCCGAACAC-GGAAGUGAAGCCUGCCAGCGUA--CCAGCU-----A-GUACU-G------G-----A---G----UG----GGAGACCCUCUGGGA----GCGCUGG----UUCGCCG------C-C-------UA-------CU--C- >Natrinema sp. 1 ---------UUA---CG----G--CGGCCACAG-CGGCG--A-GG-UA-CCUCCCGUACCCAUCCCGAACAC-GGAAGAUAAGCUCGCCUGCGUU--UCGGUC-----A-GUACU-G------G-----A---G----UG----GGCGACCCUCUGGGA----ACCCCGA----UUCGCCG------C-C--A---CCA-------CU--C- >Methanolobus tindarius 1 -----G---G-----UG----G--CGGCCAUAG-CGGCG--G-GG-CA-AUUCCUGUACCCAUCCCGAACAC-AGAAGAUAAGCCCGCCUGCGUU--CUAUAC-----U-GUACU-A------A-----A---G----UA----UGAGAGUCUUUGGGA----AAUAUGG----AACGCUG------C-C--A---CC---AAC-------- >Methanosarcina -----GGA-GUU---UG----G--C-GCCAUAG-CGGCA--G-UG-UA-ACUCCUGUACCCAUCCCGAACAC-AGUAGAUAAGCCUGCCCGCGUU--CCUUAC-----U-GUACU-G------A-----A---G----UG----UGCGAGCCUUCGGGA----ACUCUGG----AUCGCUG------C-C--AUACUC---ACC-------- >Methanosarcina.v -----G---AUC---UG----G--CAGCCAUAG-CGGCA--GGUG-UA-A-UCCUGUACCCAUCCCGAACAC-AGUAGAUAAGCCUGCCCGCGUU--CCUUGC----CU-GUACU-G------A-----A---G----UG----UGCGAGC-UUCGGGA----ACUCUGG----AUCG-UG------C-C--AUA-UC---AGU-------- >Nanoarchaeum equitans 1 -----G---UUU---CGUGGGA--GGGCCAUAG-CGGCCC-G-GG-AA-CCACCCGUACCCAUCUCGAACAC-GGAAGUUAAGCCGGGCCGCGUC--CCGAGU-----G-GUACU-G------C------C--------C----CGCGAAGGGGUGGGA----AGCUCGG----GAUGC----------C-------------C-------- >Thermoplasma -----G---GCA---------A--CGGUCAUAG-CAGCA--G-GG-AA-ACACCAGAUCCCAUUCCGAACUC-GACGGUUAAGCCUG-CUGCGUA--UUGCGU-----U-GUACU-G------U-----A---U----GC----CGCGAGGGUACGGGA----AGCGCAA----UAUGCUG------U-U--A---CC---ACU-------- >Methanococcus U----G---ACA---UA----A--CGGUCAAAG-CGGAG--G-UG-UA-ACAUCCGAUCCCAUCCCGAUCUC-GGAAAUUAAGCCCUCCAGCGAU--UCUUUA-----A-GUACU-G------C-----U---A----UC----U-------AGUGGGA----ACAAAGU----GACGCCG------U-U--A---GU---CAC-------- >Methanothermococcus U----G---AUA---UA----A--CGGUCAUAG-CGGAG--G-AG-CC-ACAUCCGAUCCCGUCCCGAUCUC-GGAAAUUAAGCCCUCCAGCGAU--ACCCUA-----A-GUACU-G------C-----C---A----UU----U-------GGUGGGA----ACAGGGU----GACGCUG------U-U--G---AU---CAC-------- >Methanothermobacter -----G---U-----UG----G--CGGUCAUGG-CGUGG--G-GU-UU-AUACCUGAUCUCGUUUCGAUCUC-AGUAGUUAAGUCCUGCUGCGUU--GUGGGU-----GUGUACU-G------C-----G---GUUU-UU----UGC-----UGUGGGA----AGCCCAC----UUCACUG------C-C--A---GA---CAA-------- >Methanothermus -----G---GUA---CG----G--CGACCAUAG-CGGGG--G-GG-CC-ACACCUGAACCCGUUCCGAUCUC-AGAAGUUAAGCCCCCCUGCGUU--GGAGGU-----G-GUACU-G------C-----A-ACG----UU----AGU-----UGCGGGA----AGCCUCC----AACGUCG------C-C--G---GC---CCA-------- >Pyrococcus -----G---GUA---CG----G--CGGUCAUAG-CGGGG--G-GG-CC-ACACCCGGUCUCAUUUCGAACCC-GGAAGUUAAGCCCCCCAGCGAU--CCCGGC-----U-GUACU-G------C-----C---C----UC----CGAGAGGGGGCGGGA----ACC-GGG----GACGCCG------C-C--G---GC---CA--------- >Thermococcus -----G---GUA---CG----G--CGGUCAUAG-CGGCG--G-GG-UC-ACACCCGGUCUCGUUUCGACCCC-GGAAGUUAAGCCCGCCAGCGAU--CCCGGU-----U-GUACU-G------C-----C---C----UC----CGGGAGGGGGCGGGA----ACC-GGG----GACGCCG------C-C--G---GC---CA--C------ >Streptomyces ambofaciens 1 -----G---UUU---CG----G--UGGUCAUAG-CGUUA--G-GG-AA-ACGCCCGGUUACAUUCCGAACCC-GGAAGCUAAGCCUUACAGCGCC---------GAU-G-GUACU-GCAGGGGGGA--CC---C----UG----UGGGA----------GAGUA---------GGACGCCG------C-C--G---AA---CA--------- >Agrobacterium tumefaciens 6 -----C--GACC---UG----G--UGGUCAUCG-CGGGG--C-GG-CU-GCACCCGUUCCCUUUCCGAACAC-GGCCGUGAAACGCCCCAGCGCC---------AAU-G-GUACU-UCGUC--UCA--AG---A----CG----CGGGA----------GAGUA---------GGUCGCUG------C-C--A---GG---UC-U------- >Escherichia -----U---GCC---UG----G--CGGCCGUAG-CGCGG--U-GG-UC-CCACCUGACCCCAUGCCGAACUC-AGAAGUGAAACGCCGUAGCGCC---------GAU-G-GUAGU-GUG-GGGUCU--CC---C----CA----UGCGA----------GAGUA---------GGGAACUG------C-C--A---GG---CA-U------- >Thermus ---AAU---CCC---CC----G--UGCCCAUAG-CGGCG--U-GG-AA-CCACCCGUUCCCAUUCCGAACAC-GGAAGUGAAACGCGCCAGCGCC---------GAU-G-GUACU-GGGCGGGCGA--CC---G----CC----UGGGA----------GAGUA---------GGUCGGUG------C-G--G---GG---GA-U------- >Aquifex aeolicus 1 -----C---CCC---UG----G--UGGCCAUAG-CGGGG--G-GG-AA-ACACCCGGUCCCAUUCCGAACCC-GGCAGUUAAGCCCCCCAGCGCC---------GAU-G-AUACU-GUGCCGGCAG--CG---G----CA----CGGGA----------AAGUA---------GGUCGCUG------C-C--A---GG---GG--------- >Thermotoga maritima 1 -AU--C---CCC---GG----G--UGCCGAUAC-UGGGG-CG-GG-AA-ACACCCGGUUCCAUUCCGAACCC-GGCCGUUAAGCCGCCCUGGGCC---------GAU-G-GUAGU-AUGGGGGCAG--CC---C----CA----UGCGA----------GAGUA---------GGUAGCGC------C-C--G---GG---GA-U------- >Campylobacter jejuni 3 -----A---U--GU-CC----G--UGAUUAUAC-AGAUG--U-GG-AA-ACGCCUUGCUCCAUCCCGAACCA-AGAAGCUAAGCACAUCGUGGGU---------GAU-G-AUACU-ACGCC--UUACUGG---C----AG----GGGGA----------AAGUA---------GCUCAUUG------C-G--G----A---CU-U------- >Chlamydia trachomatis 1 -----C---U-----UG----G--UGAUAAUAG-AGAGA--G-GG-AA-ACACCUGACACCAUUCCGAACUC-AGAAGUUAAGCCUCUGAUCGCU---------GAU-G-GUACU-AUACA--CAA--GA---G----UA----UGGGA----------GAGUA---------GGUCGUCG------C-C--A---AG---CA-U------- >Bacillus anthracis 1 -----U---U-----UG----G--UGAUGAUGG-CAGAG--A-GG-UC-ACACCCGUUCCCAUACCGAACAC-GGAAGUUAAGCUCUCUAGCGCC---------GAU-G-GUAGUUG------GGA--CC---U----UGUCCCUGUGA----------GAGUA---------GGACGUCG------C-C--A---AG---C---------- >Geobacillus stearothermophilus 1 -----C---C-----UA----G--UGGUGAUAG-CGGAG--G-GG-AA-ACACCCGUUCCCAUCCCGAACAC-GGAAGUUAAGCCCUCCAGCGCC---------GAU-G-GUAGUUG------GGG--CC---A---GCGCCCCUGCAA----------GAGUA---------GGUCGCUG------C-U--A---GG---C---------- >Flavobacterium hydatis 1 -----U---A-----AG----G--UGGUUAUUG-CGGCG--G-GG-CU-CGACCUCUUCCCAUCCCGAACAG-AGUAGUUAAGCCCGCCUGCGCA---------GAU-G-GUACU-G------CAG--UU---A----UG----UGGGA----------GAGUA---------UGUCGUCG------C-C--U---UU---C---------- >Spirochaeta aurantia 1 -----C---C-----UG----G--UGAUCAUAG-CGAAG--A-GG-UC-CCACCCGUUCCCAUCCCGAACAC-GGAAGUUAAGCUCUUCAGCGCC---------GAU-G-GUACU-G------CUA--U---------UG----CGGGA----------GAGUA---------GGUCGUCG------C-C--A---GG---C---------U >Archeoglobus -----A---UGC---CG----A--CGGUCAUAG-GACGG--G-GG-AA-ACACCCGGACUCAUUCCGAACCC-GGAAGUUAAGCCCCGUUCCGUC--CCGCAC-----A-GUACU-G------U-----G---U----UC----CGAGAGGGCACGGGA----ACUGCGG----GA-ACCG------U-C--G---GC---UU--------- >Pyrobaculum aerophilum 1 -----G---CCC--CUA----ACCCGGCCAUAGGCGCCG--G-UG-AU-ACGCCCGGUCUCAUCA-GAACCC-GGAAGCUAAGGCCGGCGCCGCG--CUCGGG-----A-GUACU-G------G-----G---C----UC----CGCGAGGGCCCGGGA----AACCGGC----GU-GCUG---GGAG-GG-G---GC---UU--------- >Desulfurococcus mobilis 1 -----U---GCC---CG----ACCCGGCCAUAG-UGGCC--G-GG-CA-ACACCCGGUCUCGUUUCGAACCC-GGAAGUUAAGCCGGCCA-CGUCAGAACGGC-----C-G---U-G------A-----G---G----UC----CGAGAGGCCUCGC------AGCCGUU-CU-GA-GCUG---GGAUCGG-G---CA---CC--------- >Sulfolobus -----G---CCC---------ACCCGGUCACAG-UGAGC--G-GG-CA-ACACCCGGACUCAUUUCGAACCC-GGAAGUUAAGCCGCUCA-CGUUAGUGGGGC-----C-G---U-G------G-----A---U----AC----CGUGAGGAUCCGC------AGCCCCA-CU-AA-GCUG---GGAU-GG-G---UU---UU--------- >Gelidium amansii 1 -----A---CAU---U--------CGGCCAUAC-UAAGU--C-GACAU-GUACCCGAUCCCAUCCCGAACUC-GGAAGUCAAGUCGCUUCAGGC---CGGGUU-----A-GUACU-G------A-----G---G----UG----AGGGAUCACUCGGGA----AUCCCCG----GU-GCCG------A-A-------UG--------U---- >Cryptosporidium parvum 1 -----G---CAA---U--------CGGCCAUAC-UACAU--C-GA-AU-AUACCGGAUCCCAUCA-GAACUC-CGAAGUCAAGCGGUGUAAGGU---UCGGUU-----A-GUACU-A------G-----G---G----UG----GGGGACCACCUGGGA----AGACCAGA---AU-GUCG------A-U-------CGCC------UC--- >Nosema bombycis 1 -----G----AU---A--------CGGUUAUAU-UUACU--G-AA-AA-CCACCGGAACCCAUCA-GAACUC-CGAAGUUAAACCAGUAUGAGC---UUAAUU-----A-GUACU-A------A-----G---A----AG----GGAGACCACUUGGGA----ACGUUGG----GU-G---GUA---------------------------- >Zea mays 1 -----G---GAU---G--------CGAUCAUAC-CAGCA--C-UA-AA-GCACCGGAUCCCAUCA-GAACUC-CGAAGUUAAGCGUGCUUGGGC---GAGAGU-----A-GUACU-A------G-----G---A----UG----GGUGACCUCCUGGGA----AGUCCUC----GU-GUUG------C-A-------UUCC----------- >Euglena -----G---AGU---A--------CGGCCAUAC-UACCG--G-GA-AU-ACACCUGAACCCGUUC-GAUUUC-AGAAGUUAAGCCGGGUUAGGC---CCAGUU-----A-GUACU-G------A-----G--------UG----GGCGACCACUUGGGA----ACACUGG----GU-GCUG------U-A-------CGCU------U---- >Dictyostelium discoideum 1 -----G---UAU---A--------CGGCCAUAC-UAGGU--U-GG-AA-ACACAUCAUCCCGUUC-GAUCUG-AUAAGUAAAUCGACCUCAGGC---CUUCCA-----A-GUACU-C------U-----G---G----UU----GGAGACAACAGGGGA----ACAUAGG----GU-GCUG------U-A-------UAC-------U---- >Physarum polycephalum 1 -----G---GAU---G--------CGGCCAUAC-UAAGG--A-GA-AA-GCACCUCAUCCCGUCC-GAUCUG-AGAAGUUAAGCUCCUUCAGGC---GUGGUU-----A-GUACU-G------G-----G---G----UG----GGGGACCACCUGGGA----AUCCCAC----GU-GCUG------C-A-------UUCU------U---- >Amoebidium parasiticum 1 -----G---GUU---A--------CGGCCAUAC-CUAGC--A-GA-AA-GCACCCCAUCUCGUCC-GAUCUG-GGAAGUUAAACUGCUAUGGGC---GUGGUU-----A-GUACU-G------C-----G---G----UG----GGGGACCACGCGGGA----AUACCAC----GU-GCUG------U-A-------AUC-------U---- >Candida albicans 1 -----G---GUU---G--------CGGCCAUAU-CUAGC--A-GA-AA-GCACCGUUCCCCGUUC-GAUCAACCGUAGUUAAGCUGCUAAGAGC---AAUACCG----A-GUAGU-G------U-----A---G----UG----GGAGACCAUACGCGA----AACUAUU----GU-GCUG------C-A-------AUC-------U---- >Saccharomyces -----G---GUU---G--------CGGCCAUAU-CUACC--A-GA-AA-GCACCGUUCUCCGUCC-GAUCAACUGUAGUUAAGCUGGUAAGAGC---CUGACCG----A-GUAGU-G------U-----A---G----UG----GGUGACCAUACGCGA----AACUCAG----GU-GCUG------C-A-------AUC-------U---- >Caenorhabditis elegans 1 -----G---CUU---A--------CGACCAUAU-CACGU--U-GA-AU-GCACGCCAUCCCGUCC-GAUCUG-GCAAGUUAAGCAACGUUGAGU---CCAGUU-----A-GUACU-U------G-----G---A----UC----GGAGACGGCCUGGGA----AUCCUGG----AU-GUUG------U-A-------AGCU----------- >Drosophila melanogaster 1 -----G---CCA---A--------CGACCAUAC-CACGC--U-GA-AU-ACAUCGGUUCUCGUCC-GAUCAC-CGAAAUUAAGCAGCGUCGGGC---GCGGUU-----A-GUACU-U------A-----G---A----UG----GGGGACCGCUUGGGA----ACACCGC----GU-GUUG------U-U-------GGCC------U---- >Xenopus laevis 1 -----G---CCU---A--------CGGCCAUAC-CACCC--U-GA-AA-GUGCCCGAUAUCGUCU-GAUCUC-GGAAGCCAAGCAGGGUCGGGC---CUGGUU-----A-GUACU-U------G-----G---A----UG----GGAGACCGCCUGGGA----AUACCAG----GU-GUCG------U-A-------GGCU------U---- >Cryptobranchus alleganiensis 1 -----G---CCU---A--------CGGCCAUAC-CACCC--U-GA-AU-GCGCCCGAUCUCGUCU-GAACUC-AGAAGCUAAGCAGGCUUGGGC---CUGGUU-----A-GUACU-U------G-----G---A----UG----GGAGACUGCCUGGGA----AUACCAG----GU-GCUG------U-A-------GGCU------U-U-- >Homo -----G---UCU---A--------CGGCCAUAC-CACCC--U-GA-AC-GCGCCCGAUCUCGUCU-GAUCUC-GGAAGCUAAGCAGGGUCGGGC---CUGGUU-----A-GUACU-U------G-----G---A----UG----GGAGACCGCCUGGGA----AUACCGG----GU-GCUG------U-A-------GGCU------U-U--