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Campylobacter	A	-	-	-	-	-	-	U	G	U	-	-	-	-	C	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	C	G	-	-	U	G	A	U	U	A	U	A	C	-	A	G	A	U	-	G	U	G	-	G	A	A	A	C	G	C	C	U	U	G	C	U	C	C	A	U	C	C	C	G	A	A	C	C	-	A	A	G	A	A	G	C	U	A	A	G	C	A	C	A	U	C	G	U	G	G	G	-	-	-	U	G	-	A	U	-	-	G	-	A	U	A	C	U	A	C	G	-	-	-	-	-	-	C	-	C	U	U	A	C	U	G	G	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	C	A	G	G	G	G	G	A	A	A	G	U	A	G	-	-	-	-	-	-	C	U	C	A	U	U	G	C	G	G	-	-	-	-	-	A	C	U	U	-	-	-	-	-	-
Agrobacterium	C	G	-	-	-	-	-	A	-	-	-	-	C	C	U	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	G	G	-	-	U	G	G	U	C	A	U	C	G	-	C	G	G	G	-	G	C	G	-	G	C	U	G	C	A	C	C	C	G	U	U	C	C	C	U	U	U	C	C	G	A	A	C	A	-	C	G	G	C	C	G	U	G	A	A	A	C	G	C	C	C	C	A	G	C	G	C	-	-	-	C	A	-	A	U	-	-	G	-	G	U	A	C	U	U	C	G	-	-	-	-	-	-	U	-	C	U	-	-	-	-	-	-	C	A	A	G	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	A	C	G	C	G	G	G	A	G	A	G	U	A	G	-	-	-	-	-	-	G	U	C	G	C	U	G	C	C	A	G	-	-	-	-	G	U	C	U	-	-	-	-	-	-
Escherichia	U	-	-	-	-	-	-	G	-	-	-	-	C	C	U	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	G	G	-	-	C	G	G	C	C	G	U	A	G	-	C	G	C	G	-	G	U	G	-	G	U	C	C	C	A	C	C	U	G	A	C	C	C	C	A	U	G	C	C	G	A	A	C	U	-	C	A	G	A	A	G	U	G	A	A	A	C	G	C	C	G	U	A	G	C	G	C	-	-	-	C	G	-	A	U	-	-	G	-	G	U	A	G	U	G	U	G	G	G	G	U	C	-	U	-	C	C	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	C	C	A	U	G	C	G	A	G	A	G	U	A	G	-	-	-	-	-	-	G	G	A	A	C	U	G	C	C	A	G	-	-	-	-	G	C	A	U	-	-	-	-	-	-
Thermotoga	A	-	-	-	-	-	-	U	-	-	C	C	C	C	G	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	G	G	-	-	U	G	C	C	G	A	U	A	C	-	U	G	G	G	-	G	C	G	G	G	A	A	A	C	A	C	C	C	G	G	U	U	C	C	A	U	U	C	C	G	A	A	C	C	-	C	G	G	C	C	G	U	U	A	A	G	C	C	G	C	C	C	U	G	G	G	C	-	-	-	C	G	-	A	U	-	-	G	-	G	U	A	G	U	A	U	G	G	G	G	G	C	A	G	-	C	C	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	C	C	A	U	G	C	G	A	G	A	G	U	A	G	-	-	-	-	-	-	G	U	A	G	C	G	C	C	C	G	G	-	-	-	-	G	G	A	U	-	-	-	-	-	-
Thermus	A	-	-	-	-	-	-	A	-	-	U	C	C	C	C	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	C	G	-	-	U	G	C	C	C	A	U	A	G	-	C	G	G	C	-	G	U	G	-	G	A	A	C	C	A	C	C	C	G	U	U	C	C	C	A	U	U	C	C	G	A	A	C	A	-	C	G	G	A	A	G	U	G	A	A	A	C	G	C	G	C	C	A	G	C	G	C	-	-	-	C	G	-	A	U	-	-	G	-	G	U	A	C	U	G	G	G	C	G	G	G	C	G	A	-	C	C	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	G	C	C	U	G	G	G	A	G	A	G	U	A	G	-	-	-	-	-	-	G	U	C	G	G	U	G	C	G	G	G	-	-	-	-	G	G	A	U	-	-	-	-	-	-
Bacillus	U	-	-	-	-	-	-	U	-	-	-	-	-	-	U	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	G	G	-	-	U	G	A	U	G	A	U	G	G	-	C	A	G	A	-	G	A	G	-	G	U	C	A	C	A	C	C	C	G	U	U	C	C	C	A	U	A	C	C	G	A	A	C	A	-	C	G	G	A	A	G	U	U	A	A	G	C	U	C	U	C	U	A	G	C	G	C	-	-	-	C	G	-	A	U	-	-	G	-	G	U	A	G	U	U	G	G	-	-	-	-	-	-	G	A	C	C	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	U	U	G	U	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	C	C	C	U	G	U	G	A	G	A	G	U	A	G	-	-	-	-	-	-	G	A	C	G	U	C	G	C	C	A	A	-	-	-	-	G	C	-	-	-	-	-	-	-	-
Flavobacterium	U	-	-	-	-	-	-	A	-	-	-	-	-	-	A	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	G	G	-	-	U	G	G	U	U	A	U	U	G	-	C	G	G	C	-	G	G	G	-	G	C	U	C	G	A	C	C	U	C	U	U	C	C	C	A	U	C	C	C	G	A	A	C	A	-	G	A	G	U	A	G	U	U	A	A	G	C	C	C	G	C	C	U	G	C	G	C	-	-	-	A	G	-	A	U	-	-	G	-	G	U	A	C	U	G	C	A	-	-	-	-	-	-	G	-	U	U	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	A	U	G	U	G	G	G	A	G	A	G	U	A	U	-	-	-	-	-	-	G	U	C	G	U	C	G	C	C	U	U	-	-	-	-	U	C	-	-	-	-	-	-	-	-
Methanothermobacter	G	-	-	-	-	-	-	U	-	-	-	-	-	-	U	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	G	G	-	-	C	G	G	U	C	A	U	G	G	-	C	G	U	G	-	G	G	G	-	U	U	U	A	U	A	C	C	U	G	A	U	C	U	C	G	U	U	U	C	G	A	U	C	U	-	C	A	G	U	A	G	U	U	A	A	G	U	C	C	U	G	C	U	G	C	G	U	U	G	U	G	G	-	G	U	-	-	G	U	G	U	A	C	U	G	C	G	-	-	-	-	-	-	G	-	U	U	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	U	U	U	U	G	-	-	-	-	-	-	-	C	U	G	U	G	G	G	A	-	-	-	-	A	G	C	C	C	A	C	-	U	U	C	A	C	U	G	C	C	A	G	-	-	-	-	A	C	A	A	-	-	-	-	-	-
Methanococcus	U	-	G	A	C	-	-	A	-	-	-	-	-	-	U	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	A	A	-	-	C	G	G	U	C	A	A	A	G	-	C	G	G	A	-	G	G	U	-	G	U	A	A	C	A	U	C	C	G	A	U	C	C	C	A	U	C	C	C	G	A	U	C	U	-	C	G	G	A	A	A	U	U	A	A	G	C	C	C	U	C	C	A	G	C	G	A	U	U	C	U	U	-	U	A	-	-	A	-	G	U	A	C	U	G	C	U	-	-	-	-	-	-	A	-	U	C	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	U	A	G	U	G	G	G	A	-	-	-	-	A	C	A	A	A	G	U	-	G	A	C	G	C	C	G	U	U	A	G	-	-	-	-	U	C	A	C	-	-	-	-	-	-
Methanospirillum	U	-	-	-	-	C	A	A	-	-	-	-	-	-	U	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	A	G	-	-	C	G	G	C	C	A	C	A	G	-	C	A	G	G	-	U	G	U	-	G	U	C	A	C	A	C	C	C	G	U	U	C	C	C	A	U	U	C	C	G	A	A	C	A	-	C	G	G	A	A	G	U	U	A	A	G	A	C	A	C	C	U	C	A	C	G	U	G	G	A	U	G	-	A	C	-	-	G	-	G	U	A	C	U	G	A	G	-	-	-	-	-	-	G	-	U	A	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	C	G	C	G	A	G	U	C	C	U	C	G	G	G	A	-	-	-	-	A	A	U	C	A	U	C	-	C	U	C	G	C	U	G	C	U	A	U	-	-	-	-	U	G	U	U	-	-	-	-	-	-
Nanoarchaeum	G	-	-	-	-	-	-	U	-	-	-	-	-	-	U	U	C	G	U	G	G	-	-	-	-	-	G	A	-	-	G	G	G	C	C	A	U	A	G	-	C	G	G	C	C	C	G	G	-	G	A	A	C	C	A	C	C	C	G	U	A	C	C	C	A	U	C	U	C	G	A	A	C	A	-	C	G	G	A	A	G	U	U	A	A	G	C	C	G	G	G	C	C	G	C	G	U	C	C	C	G	A	-	G	U	-	-	G	-	G	U	A	C	U	G	C	-	-	-	-	-	-	-	-	-	C	C	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	C	G	C	G	A	A	G	G	G	G	U	G	G	G	A	-	-	-	-	A	G	C	U	C	G	G	-	G	A	U	G	C	-	-	-	-	-	-	C	-	-	-	-	-	-	C	-	-	-	-	-	-
Thermococcus	G	-	-	-	-	-	-	G	-	-	-	-	-	-	U	-	-	-	-	-	-	A	C	-	-	-	G	G	-	-	C	G	G	U	C	A	U	A	G	-	C	G	G	C	-	G	G	G	-	G	U	C	A	C	A	C	C	C	G	G	U	C	U	C	G	U	U	U	C	G	A	C	C	C	-	C	G	G	A	A	G	U	U	A	A	G	C	C	C	G	C	C	A	G	C	G	A	U	C	C	C	G	-	G	U	-	-	U	-	G	U	A	C	U	G	C	C	-	-	-	-	-	-	C	-	U	C	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	C	G	G	G	A	G	G	G	G	G	C	G	G	G	A	-	-	-	-	A	C	-	C	G	G	G	-	G	A	C	G	C	C	G	C	C	G	G	-	-	-	-	C	C	A	C	-	-	-	-	-	-
Thermoplasma	G	-	-	-	-	-	-	G	-	-	-	-	-	-	C	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	A	A	-	-	C	G	G	U	C	A	U	A	G	-	C	A	G	C	-	A	G	G	-	G	A	A	A	C	A	C	C	A	G	A	U	C	C	C	A	U	U	C	C	G	A	A	C	U	-	C	G	A	C	G	G	U	U	A	A	G	C	C	U	G	-	C	U	G	C	G	U	A	U	U	G	C	-	G	U	-	-	U	-	G	U	A	C	U	G	U	A	-	-	-	-	-	-	U	-	G	C	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	C	G	C	G	A	G	G	G	U	A	C	G	G	G	A	-	-	-	-	A	G	C	G	C	A	A	-	U	A	U	G	C	U	G	U	U	A	C	-	-	-	-	C	A	C	U	-	-	-	-	-	-
Pyrobaculum	G	-	-	-	-	-	-	C	-	-	-	-	-	-	C	-	-	-	-	-	-	-	-	C	C	U	A	A	C	C	C	G	G	C	C	A	U	A	G	G	C	G	C	C	-	G	G	U	-	G	A	U	A	C	G	C	C	C	G	G	U	C	U	C	A	U	C	A	-	G	A	A	C	C	-	C	G	G	A	A	G	C	U	A	A	G	G	C	C	G	G	C	G	C	C	G	C	G	C	U	C	G	-	G	G	-	-	A	-	G	U	A	C	U	G	G	G	-	-	-	-	-	-	C	-	U	C	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	C	G	C	G	A	G	G	G	C	C	C	G	G	G	A	-	-	-	-	A	A	C	C	G	G	-	-	C	G	U	G	C	U	G	G	G	A	G	-	G	G	G	G	C	U	U	-	-	-	-	-	-
Sulfolobus	G	-	-	-	-	-	-	C	-	-	-	-	-	-	C	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	C	A	C	C	C	G	G	U	C	A	C	A	G	-	U	G	A	G	-	C	G	G	-	G	C	A	A	C	A	C	C	C	G	G	A	C	U	C	A	U	U	U	C	G	A	A	C	C	-	C	G	G	A	A	G	U	U	A	A	G	C	C	G	C	-	U	C	A	C	G	U	U	A	G	U	G	-	G	G	G	C	C	-	G	-	-	-	U	G	G	A	-	-	-	-	-	-	U	-	A	C	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	C	G	U	G	A	G	G	A	U	C	C	G	C	-	A	-	-	-	-	G	C	C	C	C	A	C	-	U	A	A	G	C	U	G	G	G	A	U	-	G	G	G	U	U	U	U	-	-	-	-	-	-
Halorubrum	G	-	-	-	-	-	-	U	-	-	-	-	-	-	A	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	G	G	-	-	C	G	G	C	C	A	A	A	G	-	C	G	G	C	-	A	G	G	-	G	A	A	A	G	A	C	C	C	G	U	A	C	C	C	A	U	U	C	C	G	A	A	C	A	-	C	G	G	A	A	G	U	G	A	A	G	C	C	U	G	C	C	A	G	C	G	U	A	C	C	A	G	-	C	U	-	-	A	-	G	U	A	C	U	G	G	A	-	-	-	-	-	-	G	-	U	G	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	G	G	A	G	A	C	C	C	U	C	U	G	G	G	A	-	-	-	-	G	C	G	C	U	G	G	-	U	U	C	G	C	C	G	C	C	-	U	-	-	-	-	A	C	U	C	-	-	-	-	-	-
Candida	G	-	-	-	-	-	-	G	-	-	-	-	-	-	U	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	U	G	-	-	C	G	G	C	C	A	U	A	U	-	C	U	A	G	-	C	A	G	-	A	A	A	G	C	A	C	C	G	U	U	C	C	C	C	G	U	U	C	-	G	A	U	C	A	A	C	C	G	U	A	G	U	U	A	A	G	C	U	G	C	U	A	A	G	A	G	C	-	A	A	U	A	C	C	G	-	-	A	-	G	U	A	G	U	G	U	A	-	-	-	-	-	-	G	-	U	G	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	G	G	A	G	A	C	C	A	U	A	C	G	C	G	A	-	-	-	-	A	A	C	U	A	U	U	-	G	U	-	G	C	U	G	C	A	-	A	-	-	-	-	U	C	U	-	-	-	-	-	-	-
Cryptosporidium	G	-	-	-	-	-	-	C	-	-	-	-	-	-	A	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	A	U	-	-	C	G	G	C	C	A	U	A	C	-	U	A	C	A	-	U	C	G	-	A	A	U	A	U	A	C	C	G	G	A	U	C	C	C	A	U	C	A	-	G	A	A	C	U	-	C	C	G	A	A	G	U	C	A	A	G	C	G	G	U	G	U	A	A	G	G	U	-	U	C	G	G	-	U	U	-	-	A	-	G	U	A	C	U	A	G	G	-	-	-	-	-	-	G	-	U	G	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	G	G	G	G	A	C	C	A	C	C	U	G	G	G	A	-	-	-	-	A	G	A	C	C	A	G	A	A	U	-	G	U	C	G	A	U	-	C	-	-	-	-	G	C	C	-	U	C	-	-	-	-
Drosophila	G	-	-	-	-	-	-	C	-	-	-	-	-	-	C	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	A	A	-	-	C	G	A	C	C	A	U	A	C	-	C	A	C	G	-	C	U	G	-	A	A	U	A	C	A	U	C	G	G	U	U	C	U	C	G	U	C	C	-	G	A	U	C	A	-	C	C	G	A	A	A	U	U	A	A	G	C	A	G	C	G	U	C	G	G	G	C	-	G	C	G	G	-	U	U	-	-	A	-	G	U	A	C	U	U	A	G	-	-	-	-	-	-	A	-	U	G	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	G	G	G	G	A	C	C	G	C	U	U	G	G	G	A	-	-	-	-	A	C	A	C	C	G	C	-	G	U	-	G	U	U	G	U	U	-	G	-	-	-	-	G	C	C	U	-	-	-	-	-	-
Euglena	G	-	-	-	-	-	-	A	-	-	-	-	-	-	G	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	U	A	-	-	C	G	G	C	C	A	U	A	C	-	U	A	C	C	-	G	G	G	-	A	A	U	A	C	A	C	C	U	G	A	A	C	C	C	G	U	U	C	-	G	A	U	U	U	-	C	A	G	A	A	G	U	U	A	A	G	C	C	G	G	G	U	U	A	G	G	C	-	C	C	A	G	-	U	U	-	-	A	-	G	U	A	C	U	G	A	G	-	-	-	-	-	-	-	-	U	G	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	G	G	C	G	A	C	C	A	C	U	U	G	G	G	A	-	-	-	-	A	C	A	C	U	G	G	-	G	U	-	G	C	U	G	U	A	-	C	-	-	-	-	G	C	U	-	-	-	U	-	-	-
Homo	G	-	-	-	-	-	-	U	-	-	-	-	-	-	C	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	U	A	-	-	C	G	G	C	C	A	U	A	C	-	C	A	C	C	-	C	U	G	-	A	A	C	G	C	G	C	C	C	G	A	U	C	U	C	G	U	C	U	-	G	A	U	C	U	-	C	G	G	A	A	G	C	U	A	A	G	C	A	G	G	G	U	C	G	G	G	C	-	C	U	G	G	-	U	U	-	-	A	-	G	U	A	C	U	U	G	G	-	-	-	-	-	-	A	-	U	G	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	G	G	A	G	A	C	C	G	C	C	U	G	G	G	A	-	-	-	-	A	U	A	C	C	G	G	-	G	U	-	G	C	U	G	U	A	-	G	-	-	-	-	G	C	U	-	-	-	-	U	U	-
Caenorhabditis	G	-	-	-	-	-	-	C	-	-	-	-	-	-	U	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	U	A	-	-	C	G	A	C	C	A	U	A	U	-	C	A	C	G	-	U	U	G	-	A	A	U	G	C	A	C	G	C	C	A	U	C	C	C	G	U	C	C	-	G	A	U	C	U	-	G	G	C	A	A	G	U	U	A	A	G	C	A	A	C	G	U	U	G	A	G	U	-	C	C	A	G	-	U	U	-	-	A	-	G	U	A	C	U	U	G	G	-	-	-	-	-	-	A	-	U	C	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	G	G	A	G	A	C	G	G	C	C	U	G	G	G	A	-	-	-	-	A	U	C	C	U	G	G	-	A	U	-	G	U	U	G	U	A	-	A	-	-	-	-	G	C	U	-	-	-	-	-	-	-
Dictyostelium	G	-	-	-	-	-	-	U	-	-	-	-	-	-	A	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	U	A	-	-	C	G	G	C	C	A	U	A	C	-	U	A	G	G	-	U	U	G	-	G	A	A	A	C	A	C	A	U	C	A	U	C	C	C	G	U	U	C	-	G	A	U	C	U	-	G	A	U	A	A	G	U	A	A	A	U	C	G	A	C	C	U	C	A	G	G	C	-	C	U	U	C	-	C	A	-	-	A	-	G	U	A	C	U	C	U	G	-	-	-	-	-	-	G	-	U	U	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	G	G	A	G	A	C	A	A	C	A	G	G	G	G	A	-	-	-	-	A	C	A	U	A	G	G	-	G	U	-	G	C	U	G	U	A	-	U	-	-	-	-	A	C	U	-	-	-	-	-	-	-
Nosema	G	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	A	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	U	A	-	-	C	G	G	U	U	A	U	A	U	-	U	U	A	C	-	U	G	A	-	A	A	A	C	C	A	C	C	G	G	A	A	C	C	C	A	U	C	A	-	G	A	A	C	U	-	C	C	G	A	A	G	U	U	A	A	A	C	C	A	G	U	A	U	G	A	G	C	-	U	U	A	A	-	U	U	-	-	A	-	G	U	A	C	U	A	A	G	-	-	-	-	-	-	A	-	A	G	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	G	G	A	G	A	C	C	A	C	U	U	G	G	G	A	-	-	-	-	A	C	G	U	U	G	G	-	G	U	-	G	G	U	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	A
Zea	G	-	-	-	-	-	-	G	-	-	-	-	-	-	A	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	U	G	-	-	C	G	A	U	C	A	U	A	C	-	C	A	G	C	-	A	C	U	-	A	A	A	G	C	A	C	C	G	G	A	U	C	C	C	A	U	C	A	-	G	A	A	C	U	-	C	C	G	A	A	G	U	U	A	A	G	C	G	U	G	C	U	U	G	G	G	C	-	G	A	G	A	-	G	U	-	-	A	-	G	U	A	C	U	A	G	G	-	-	-	-	-	-	A	-	U	G	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	G	G	U	G	A	C	C	U	C	C	U	G	G	G	A	-	-	-	-	A	G	U	C	C	U	C	-	G	U	-	G	U	U	G	C	A	-	U	-	-	-	-	U	C	C	-	-	-	-	-	-	-